不動産売却の確定申告はe-Taxで完結｜自宅でできる操作手順

不動産を売ったあとの確定申告は、給与の申告しか経験がないと身構えてしまうものです。

譲渡所得や特例の入力でつまずかないか、税務署に行く時間を取れるか、不安は尽きません。

この記事では、準備から納税まで自宅のe-Taxで操作し切る道筋を、画面の局面ごとにたどって示します。

不動産売却の確定申告はe-Taxで自宅から完結できる｜全体の操作マップ

給与の申告しか経験がない会社員でも、不動産を売ったときの確定申告は自宅のe-Taxで最後まで終えられます。

e-Taxが自動で作る書類と、自分で用意する情報を切り分けたうえで、準備から納税までの流れを一枚の地図として示します。どこで時間がかかるかも、進む前に見えてきます。

e-Taxでできること・できないこと（内訳書が作れない例外ケースを先に確認）

e-Taxは、画面の案内に沿って金額を入れるだけで、譲渡所得の内訳書と申告書第三表まで自動で作成します。

不動産を売ったときの申告で中心になるのは、譲渡所得の内訳書と、分離課税を記載する申告書第三表です。確定申告書等作成コーナーでは、この2つが入力内容から自動で組み立てられ、税額も自動で計算されます。様式を一から埋める手間はありません。

そのため自分で手を動かすのは、売却額や取得費といった数字を入力する作業に絞られます。書類づくりそのものはe-Tax側が引き受けてくれる、と捉えて差し支えありません。

ただし、すべての売却がe-Taxで完結するわけではありません。たとえば店舗併用住宅のように、3,000万円の特別控除を使える部分と使えない部分が混在する物件は、内訳書を作成コーナーで作れません。この場合は紙の申告書か、税理士への相談に切り替える必要があります。

出典: 作成コーナーの操作要領等｜令和7年分 確定申告特集（国税庁）

申告作業の全体マップ（準備→ログイン→入力→送信→納税の今どこにいるか）

申告は5つの局面を順にたどる一本道で、いま自分がどこにいるかを見失わずに進められます。

全体の流れは、下の地図のように5つの局面へ分かれます。順番が前後することはないため、一つ終えるごとに残りが着実に減っていきます。

申告の全体マップ

準備 → ログイン → 入力 → 送信 → 納税

準備：カードと読み取り環境をそろえる
ログイン：作成コーナーで本人認証する
入力：売却額・取得費・特例を入れる
送信：内容を確認してe-Taxで提出する
納税：納付または還付で完了する

このうち手間がかかるのは、初めの準備と、売却額や取得費を扱う入力の局面です。逆にいえば、この2か所さえ越えれば、確認と送信は流れ作業に近い感覚で進みます。全体像を先に持っておくと、途中で手が止まりにくくなります。

令和6年分の所得税の確定申告では、約4人に3人がe-Taxを利用しました。自宅から進める方法は、すでに特別なやり方ではありません。

出典: 令和6年分の所得税等、消費税及び贈与税の確定申告状況等について（国税庁 報道発表資料）

不動産売却の確定申告｜必要？いつまで？段取りと判断まで解説

スマホ・PCどちらでも進められる

この申告は、パソコンとスマートフォンのどちらでも、同じ流れで進められます。

かつてスマートフォンでの譲渡所得の申告は使いにくいとされていましたが、入力画面が改善され、いまは実用的な選択肢になりました。国税庁も、スマホで作成してe-Taxで提出する方法をすすめています。

操作の流れはどちらの機器でも共通なので、手元にある方をそのまま使って構いません。途中で機器を変えても、保存したデータから続けられます。

出典: 不動産等を売却した方へ｜令和7年分 確定申告特集（国税庁）

【準備】まずマイナンバーカードと読み取り環境をそろえる

e-Taxで最初につまずきやすいのは、申告そのものではなく本人確認の準備です。

いまから始める人はマイナンバーカード方式が基本になります。カードと読み取り機器に加え、申請にかかる時間も申告期から逆算して用意しておきます。

「マイナンバーカード方式」で進める前提を確認する（ID・パスワード方式は新規発行停止）

これからe-Taxを始める会社員は、マイナンバーカード方式で進めるのが基本になります。

従来はID・パスワード方式も選べましたが、令和7年10月以降は新規発行が止まりました。今後初めて使う人は、マイナンバーカードを使う方式を選ぶことになります。

すでにID・パスワードの届出を済ませている人は、当面そのまま利用できます。手元に届出があるかどうかで、この後の準備が変わってきます。

出典: ID・パスワードの新規発行停止について（国税庁 e-Tax）

自分のスマホ・PCでカードを読み取れるか確かめる（対応機種／なければ家族のスマホでも可）

カードを読み取る機器は、手持ちのスマートフォンかパソコンのどちらかで用意します。

スマートフォンで進める場合は、マイナポータルアプリが使えるNFC対応機種であれば読み取れます。自分の機種が対応しているかは、マイナポータルの対応機種一覧で確認できます。パソコンで進める場合は、ICカードリーダーかスマートフォンを読み取り役として接続します。

手元の機器が対応していなくても、家族や知人のスマートフォンを借りて読み取ることもできます。読み取りに使うのは一時的なログインだけなので、操作を終えてログアウトすれば、その端末に申告内容は残りません。

スマートフォンに電子証明書を搭載しておく方法もあります。iPhoneでは2025年6月からマイナンバーカードを登録でき、登録後はカード本体を取り出さずに認証できます。Android端末でも電子証明書の搭載に対応しています。

出典: スマートフォンのマイナンバーカード（デジタル庁）

カードがない人は申請から逆算して動く（到着まで1〜2か月）

マイナンバーカードをまだ持っていない人は、申請から手元に届くまでの時間を見込んで早めに動きます。

カードの交付までは、申請からおおむね1〜2か月ほどかかります。確定申告は毎年2月16日から3月15日までなので、年末から年明けには申請を済ませておくと間に合います。

すぐに用意できないときは、家族のスマートフォンで読み取る方法や、税務署の窓口で申告する方法も残されています。自分の状況に合わせて、無理のない進め方を選べば問題ありません。

準備チェックリスト

□ マイナンバーカード（未保有なら、まず申請から）
□ 読み取り機器（NFC対応スマホ／PC＋ICカードリーダー）
□ マイナポータルアプリのインストール

【ログイン】確定申告書等作成コーナーにアクセスして本人認証する

準備ができたら、確定申告書等作成コーナーにアクセスして本人認証する段階に入ります。

会社員が最初に触れる画面の場所と、カード読み取りでつまずいたときの対処を押さえます。源泉徴収票を自動で取り込む方法も、使いたい人向けに紹介します。

作成コーナーを開いて所得税の申告書作成を始める（どの入口から入るか）

入口は国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で、ここから所得税の申告書づくりを始めます。

作成コーナーを開いたら、まず作成する申告書の種類として所得税を選びます。次に提出方法を選ぶ画面で、マイナンバーカードを使うe-Taxを指定します。

画面は上から順に案内が出るため、表示された質問に答えていけば次の画面へ進めます。どこを押すか迷ったら、画面の案内文をそのまま読めば判断できます。

マイナンバーカードを読み取ってログインする（読み取りエラーでつまずかないコツ）

本人認証は、画面の指示に従ってマイナンバーカードを読み取るだけで完了します。

スマートフォンの場合は、カードの上に端末を重ねるように置いて読み取ります。利用者証明用の暗証番号（数字4桁）を求められるので、設定したものを入力します。パソコンの場合は、つないだカードリーダーかスマートフォンにカードをかざします。

読み取りがうまくいかないときは、カードの位置を少しずらすと反応することがあります。スマートフォンのケースが厚いと反応しにくいため、外して試すのも手です。暗証番号を3回続けて間違えるとロックがかかるので、心当たりのない人は事前に確認しておきます。

マイナポータル連携で源泉徴収票などを自動入力する（任意）

マイナポータルと連携すると、会社員の源泉徴収票などの情報を画面に自動で取り込めます。

年末調整しか経験のない人にとっては、給与の金額を手で入力する手間が省けます。医療費やふるさと納税の情報も、対象であればまとめて取り込めます。

連携には事前の設定が必要なため、間に合わないときは手入力でも問題ありません。譲渡所得の入力そのものは、連携の有無にかかわらず同じ手順で進みます。

出典: 申告の準備に関する情報｜令和7年分 確定申告特集（国税庁）

【入力①】譲渡所得の内訳書をe-Taxで作成する（売却額・取得費・譲渡費用）

ここが不動産の売却に固有の入力で、本記事の中心になる作業です。

画面の案内に沿って数字を入れていくと、譲渡所得の内訳書と申告書第三表が自動で作られます。売却額、取得費、譲渡費用の3つを、順番に入力していきます。

「土地建物等の譲渡所得」を選んで入力を始める

譲渡所得の入力は、申告する所得の種類として「土地建物等の譲渡所得」を選ぶところから始めます。

所得を選ぶ画面で、「土地建物等の譲渡所得」の欄にチェックを入れて先へ進みます。すると、不動産の売却に関する入力画面が開きます。

この区分は、給与のように毎年の年末調整では扱わない項目です。年末調整しか経験がなくても、画面の案内に沿って選べば迷うことはありません。

出典: 確定申告書等作成コーナー｜土地建物等の譲渡所得の入力方法（国税庁）

売却した不動産の情報と売却額を入力する（内訳書が自動で作られる）

売却した物件の所在地や売却額を入力すると、譲渡所得の内訳書が自動で組み立てられます。

入力する内容は、売買契約書に書かれている物件の情報と売却額が中心です。所在地や引き渡した日も、契約書を見ながら写していきます。

数字を入れていくと、内訳書の様式が裏側で自動的に出来上がっていきます。自分で様式を選んだり、欄を作ったりする必要はありません。

不動産売却の一括査定サイトおすすめ7選｜選び方と組み合わせ方

取得費を入力する｜資料がない場合は概算取得費（5%）を選ぶ

取得費は、購入時の資料があれば実際の金額を、なければ売却額の5%を概算として入力します。

取得費とは、その不動産を買ったときにかかった金額のことです。購入価格に加え、当時の仲介手数料や登記費用なども含められます。

購入時の売買契約書や領収書が残っていれば、その金額を取得費として入力します。資料が見つからないときは、売却額の5%を取得費とみなす概算取得費を選べます。ただし概算を使うと取得費が小さくなり、税額が増えやすい点には注意が必要です。

税理士によると、会社員がつまずきやすいのはこの取得費の確定だといいます。何十年も前に買った家ほど資料が残っておらず、判断に迷う人が多いためです。

出典: 作成コーナーの操作要領等｜令和7年分 確定申告特集（国税庁）

不動産売却の譲渡所得税の計算方法｜5つのSTEPとモデルケースで解説

譲渡費用（仲介手数料など）を入力する

譲渡費用には、売却のために直接かかった費用を入力します。

代表的なのは、売却時の仲介手数料や売買契約書の印紙代です。土地を売るために建物を取り壊した場合の解体費なども、譲渡費用に含められます。

一方で、売却前に行った修繕費や引っ越し費用は譲渡費用になりません。売るために直接かかったかどうかが、含められるかの分かれ目です。

住み替えの仲介手数料はいくら？早見表と「実質手取り」で選ぶ

【入力②】3000万円控除などの特例を画面で選択する

入力の続きとして、自分が使う特例を画面で選ぶ段階に入ります。

自分が使う特例を画面で選び、選択後に税額がどう変わるかを確かめます。あわせて、添付書類をデータで出すか別途用意するかの切り分けも押さえます。

「特例等の入力」で自分が使う特例を選ぶ（措法35条1項などの表示名で確認）

特例は、入力画面に並ぶ表示名から自分が使うものを選ぶだけで適用できます。

マイホームを売ったときの3,000万円特別控除は、画面では「措法35条1項」という条文名で表示されます。所有期間が10年を超える場合の軽減税率は、「措法31条の3」と並びます。使う特例にチェックを入れれば、必要な計算は画面側で進みます。

条文名は見慣れず戸惑いやすいものの、自分が使う特例の名前さえ分かっていれば選択に迷いません。控除の名前と条文の対応は、画面の説明にも添えられています。

出典: 確定申告書等作成コーナー｜ご利用になれない方（譲渡所得）（国税庁）

マイホーム売却の3000万円特別控除|要件・節税額・住宅ローン控除との比較

特例を適用して譲渡所得・税額の変化を確かめる

特例を選ぶと、控除後の譲渡所得と税額が画面の数字に反映されます。

たとえば3,000万円特別控除を選べば、譲渡所得からその分が差し引かれた金額が表示されます。差し引いた結果、譲渡所得がゼロになるケースも珍しくありません。

数字が想定どおり下がっていれば、特例を正しく選べたと確認できます。逆に変わっていないときは、特例の選択が漏れていないか見直します。

特例適用のイメージ（3,000万円特別控除の場合）

譲渡所得 － 最大3,000万円の控除 ＝ 課税される譲渡所得

添付書類をデータで出すか別途用意するかを切り分ける

特例を使うときは、必要な添付書類をデータで送るものと、別に用意するものに分けて準備します。

多くの書類は、スマートフォンで撮影した画像やPDFをそのまま送信できます。登記事項証明書のように、内容によっては別途の提出を求められるものもあります。

なお、店舗併用住宅のように控除の対象が一部に限られる物件は、作成コーナーで内訳書を作れません。この場合は手書きで内訳書を作って計算結果だけを入力する方法か、税理士への相談に切り替えます。早い段階で自分が該当しないか見ておくと、ここで慌てずに済みます。

出典: 確定申告書等作成コーナー｜ご利用になれない方（譲渡所得）（国税庁）

【提出】申告書データを確認してe-Taxで送信する

入力が終わったら、内容を確認してe-Taxで送信する段階に進みます。

自動で作られた書類のどこを見ればよいか、添付書類をどう送るか、送信後に控えを残すところまでを確認します。送って終わりにせず、控えの保存までを一区切りにします。

自動作成された申告書の内容を最終確認する

送信の前に、自動で作られた申告書第三表と譲渡所得の内訳書に目を通します。

確認の中心になるのは、売却額や取得費といった入力した数字が正しく反映されているかです。特に取得費は税額への影響が大きいため、入力した金額をもう一度見ておきます。

書類の様式や計算そのものは自動で作られるため、計算違いの心配はほとんどありません。見るべきは、入力した数字に取り違えがないかどうかです。

添付書類をイメージデータで送信する（後日提示を求められる場合に備える）

添付書類は、画像やPDFのデータにして申告書と一緒に送信します。

売買契約書や領収書は、スマートフォンで撮影した画像をそのまま添付できます。紙を郵送したり、税務署へ持参したりする手間はかかりません。

ただしデータで送った書類は、後日あらためて原本の提示を求められることがあります。送信後も、原本は一定期間手元に保管しておくと安心です。

出典: A4-1 申告手続き（譲渡所得関係 申告書添付書類）（国税庁）

送信して受信通知を確認し、控えを保存する

申告書を送信したら受信通知を確認し、控えを保存するところまでで提出は完了します。

送信が済むと、e-Taxのメッセージボックスに受信通知が届きます。この通知が、申告書を正しく受け付けた証になります。

受信通知と申告書の控えは、電子データのまま保存するか、印刷して残しておきます。住宅ローンの借り入れや各種手続きで、後から控えの提示を求められることがあるためです。

提出の流れ

内容を確認 → e-Taxで送信 → 受信通知を確認 → 控えを保存

【提出後】納税または還付の手続きをして申告を完了する

申告は、送信後の納税または還付の手続きまで終えて完了します。

納める場合の方法と、戻ってくる場合の受け取り方、後から間違いに気づいたときの入口を押さえます。これで、自宅から最後まで操作し切る流れがつながります。

納税する場合の方法を選ぶ（口座振替・スマホアプリ・クレジット等）

納税が必要な場合も、税務署へ出向かずに自宅から手続きを終えられます。

自宅から納める主な方法は、口座から引き落とす振替納税やダイレクト納付、スマホアプリ納付、クレジットカード納付です。スマホアプリ納付は30万円以下、クレジットカード納付は1,000万円未満という上限があります。手数料や手間を見比べて、自分に合う方法を選びます。

振替納税は事前に口座振替の届出が必要なため、間に合わないときは別の方法を選びます。クレジットカード納付は決済手数料がかかる点も、選ぶ前に見ておきます。

出典: 使ってみると便利です！キャッシュレス納付！｜令和7年分 確定申告特集（国税庁）

還付の場合の振込口座と入金時期を確認する

税金が戻る場合は、申告書で振込先の口座を指定すれば手続きは終わりです。

還付金の振込先は、申告の入力画面で本人名義の口座を登録します。登録した口座へ、後日税務署から還付金が振り込まれます。

e-Taxで申告した場合、処理状況はおおむね2週間ほどでe-Tax上から確認できるようになります。実際の入金まではそこから少し時間がかかるため、3週間前後を目安に待ちます。

出典: 還付金処理状況確認について（国税庁 e-Tax）

申告内容を後から直したいときの入口を知る

提出後に間違いへ気づいても、内容を直す手続きが用意されています。

税額を多く申告しすぎていた場合は、納めすぎた分を取り戻す「更正の請求」を行います。逆に少なく申告していた場合は、不足分を納める「修正申告」で訂正します。

どちらもe-Taxから手続きできるため、気づいた時点で早めに動けば大きな負担にはなりません。まずは入口だけ知っておけば、いざというときに落ち着いて対応できます。

売却を終えて次の住まいを考え始める段階なら、資金計画を立てるために、複数の会社へまとめて査定を依頼しておくと見通しを持ちやすくなります。

【番外】スマホだけで申告できる？パソコンとの使い分け

パソコンを前提に説明してきましたが、不動産売却の申告はスマートフォンだけでも完結できます。

かつて使いにくかったスマホでの譲渡所得の申告は、いまでは実用的になりました。スマホとパソコンのどちらが向いているか、選ぶときの目安をまとめます。

スマホでも譲渡所得を申告できる（入力画面が使いやすくなった）

スマートフォンでも、不動産売却の譲渡所得を最後まで申告できます。

以前は、譲渡所得の入力はスマートフォンでは扱いにくいとされていました。近年の画面改善で項目が入力しやすくなり、いまは作成コーナーが正面から対応しています。

国税庁も、スマホで作成してe-Taxで提出する方法を案内しています。古い情報のまま「スマホは不可」と思い込んでいた人も、いまは候補に入れて構いません。

出典: 不動産等を売却した方へ｜令和7年分 確定申告特集（国税庁）

スマホとパソコンの使い分け（入力量や添付書類で選ぶ）

スマートフォンとパソコンは、申告する内容の量で使い分けると進めやすくなります。

売却が1件で添付書類も少ないなら、スマートフォンだけで十分に終えられます。手元で完結し、カードの読み取りも同じ端末で済むのが利点です。

入力する項目や添付書類が多い場合は、画面の広いパソコンの方が見渡しやすくなります。複数の物件をまとめて申告するときなどは、パソコンが扱いやすいといえます。

まとめ：e-Taxなら不動産売却の申告は自宅で終えられる

不動産を売ったときの確定申告は、準備から納税まで自宅のe-Taxで進められます。マイナンバーカードと読み取り環境がそろえば、税務署へ出向く必要はありません。

譲渡所得の内訳書や申告書第三表は入力から自動で作られるので、自分は数字を正しく入れることに集中できます。つまずきやすいのは取得費の確定で、購入時の資料は早めに探しておくと安心です。

取得費や特例の判断に迷うときは、税理士に相談しておくと迷いません。売却後に次の住まいを考え始めたら、複数社の一括査定で資金の見通しを立てておくと、住み替えの計画を進めやすくなります。